5x01 La confessione  (Bury your Dead)

In questo episodio vedremo lo scontro tra la squadra dell'NCIS ed il contrabbandiere d'armi "La Grenouille".
Sembra che finalmente scopriremo il motivo per cui la Shepard è così tanto ossessionata dalla Grenouille. Ma prima ci sarà un confronto-scontro con il misterioso trafficante d'armi che attende... e non finisce bene per un membro del team. La resa dei conti tra l'NCIS e un trafficante d'armi raggiunge una esplosiva e mortale conclusione.


5x02 Un figlio a tutti i costi (Family)

Il team sta cercando di scoprire chi ha uccise un sottuficiale di marina e una giovane donna. Il tutto si complica quando un bambino viene coinvolto e scompare.
L'investigazione del team dell'NCIS arriva ad un punto drammatico quando l'uccisione di un ufficiale porta alla ricerca di un bambino scomparso.
In autopsia Ducky fa una scoperta inattesa che porta alla ricerca di un bambino. Nel frattempo, Tony combatte per affrontare i suoi sentimenti per Jeanne.

5x03 Ex-File (Ex-File)

Il Tenente Colonnello della Marina Hollis Mann collabora insieme a Gibbs sull'indagine inerente l'omicidio di un Capitano, il quale aveva pieno accesso ad una serie di informazioni altamente classificate. L'indagine diventa un fatto personale per Jethro quando quest'ultimo scopre che una testimone del caso non è altri che una delle sue ex-mogli.

5x04 L'eliminatore (Identity Crisis)

Ducky realizza che uno dei suoi cadaveri utilizzati per scopi di ricerca è in realtà la vittima di un omicidio. La squadra NCIS lo identifica come un genio del crimine con la capacità di cancellare il passato dei suoi clienti.

5x05 Arte Araba (Leap of Faith)

La squadra NCIS è chiamata ad impedire il suicidio di un ufficiale della Marina, il quale è intenzionato a gettarsi dal tetto di un edificio. Purtroppo, il tentativo di togliersi la vita da parte dell'uomo si trasforma in un omicidio. Ora Gibbs ed i suoi uomini debbono scoprire chi ha commesso il crimine.

5x06 Chimera (Chimera)

100° episodio. Mentre stanno investigando su di una morte misteriosa avvenuta in una nave di ricerca che si trova in mare aperto, gli uomini dell'NCIS si imbattono in un'imbarcazione abbandonata, la quale contiene un mortale segreto che potrebbe costare la vita di tutti.

5x07 Requiem (Requiem)

Emozioni contrastanti turbano l'equilibrio di Gibbs quando quest'ultimo accetta di indagare su di un crimine collegato ad un'amica di sua figlia, morta alcuni anni prima. L'indagine conduce il capo della squadra NCIS ad una scioccante conclusione.

5x08 Anime Gemelle (Designated Target)

L'indagine sull'omicidio di un ammiraglio della Marina prende una strana piega quando una donna, rifugiata politica, ritorna a casa in cerca di suo marito.

5x09 Oggetti smarriti (Lost & Found)

La squadra NCIS deve prendersi cura del figlio di 9 anni di un uomo scomparso, un esperto di sopravvivenza che in qualche modo sembra essere collegato con un caso di omicidio di molti anni prima. L'indagine conduce gli uomini del team in una regione selvaggia dove viene alla luce la scioccante verità inerente il passato dell'uomo scomparso.

5x10 Supermarine (Corporal Punishment)

La squadra NCIS è sulle tracce di un ossessivo e violento marine, il quale crede di trovarsi ancora in Iraq. Gli uomini di Gibbs scoprono che il soldato è stato il soggetto di un esperimento segreto. Per fermarlo, sono costretti a pagare un prezzo molto alto.


5x11 Il Reclutatore (Tribes)
Un marine di religione musulmana viene ucciso in una moschea ed è compito del team di Gibbs trovare il colpevole. Ducky però rifiuta di eseguire l'autopsia per rispettare le credenze religiose della famiglia. Nel frattempo McGee mentre sta per piazzare una cimice all'interno della moschea, scopre che ce n'è una già installata dall'FBI.

5x12 Doppio Gioco (Stakeout)

5x13 "Dog Tags"

5x14  "Internal Affairs"

5x15 " In The Zone"

5x16 "Recoil"

5x17 "About Face"

5x18 " Judgement Day (1)"

5x19 " Judgement Day (2)"