1x01 - Yankee White (it: Air Force One)
Un ufficiale della marina muore a bordo dell’Air Force One, l’aereo presidenziale di George W. Bush. Un team di agenti del Navy NCIS, il servizio investigativo della Marina, decide di prendere in mano le indagini e costringe un agente dei Servizi Segreti ad aiutarli a scoprire se l’ufficiale sia morto per cause naturali o sia stato ucciso.

1x02 - Hung Out to Dry (it: Parola d'ordine)
Durante un’esercitazione di lancio, il paracadute di un marine non si apre e l’uomo si schianta sul tettuccio della macchina parcheggiata di due adolescenti che si erano appartati in un luogo tranqullio in cerca di intimità. Il team NCIS raggiunge la scena del crimine per determinare se la morte del marine sia stata accidentale o se si sia trattato di un omicidio.

1x03 - Seadog (it. Lupo di mare)
Il corpo di un comandante della marina viene portato a riva dalle onde, insieme a quelli di due trafficanti di droga. Ma l’agente speciale Gibbs si rifiuta di credere che l’ufficiale ucciso sia implicato in qualcosa di sporco.

1x04 - The Immortal (it. Gli immortali)
Il team NCIS viene chiamato a investigare il ritrovamento sul fondo dell’oceano di un giovane marinaio in alta uniforme, con tanto di spada cerimoniale. Presto scoprono che il giovane era fissato con un gioco di ruolo in stile “Wizards and Warriors” e così devono capire quanto avanti si spingeva la sua ossessione con li gioco e fino a dove sarebbe stato disposto ad arrivare per vendicarsi del suo arcinemico, un’altro marinaio suo collega.

1x05 - The Curse (it. ?)
Un tenente della marina, scomparso quasi dieci anni prima, viene ritrovato da un cacciatore all’interno di un contenitore metallico in un bosco. Quando il team NCIS arriva nel luogo del ritrovamento, si accorgono che il cadavere è mummificato. Così devono scoprire cosa sia accaduto al tenente e al milione di dollari che custodiva sull’unità navale in cui era imbarcato.

1x06 - High Seas (it. ?)
Un agente dell'NCIS che in passato lavorava insieme a Gibbs lo contatta perchè lo aiuti a investigare il caso di alcuni marinai morti di overdose su una portaerei, ma senza avere avuto nessun precedente di abuso di sostanze stupefacenti.

1x07 - Sub Rosa (it. ?)
Alla base di Norfolk, un cadavere in decomposizione viene ritrovato all’interno di un barile di acido. Ducky e Abby scoprono che si tratta di un sommergibilista. Gibbs si accorge che nessun sommergibilista è dato per scomparso, quindi ne deduce che un uomo dell’equipaggio di un sottomarino che ha appena lasciato la base sia un impostore. Seguendo questa pista, il team deve scoprire chi è l’impostore e quali sono le sue intenzioni. Presto capiscono che si tratta di un ecoterrorista armato di gas sarin.

1x08 - Minimum Security (it. ?)
Il team NCIS vola fino alla base di Guantanamo Bay a Cuba per fare chiarezza sulla morte improvvisa di un traduttore della Marina che lavorava nel carcere di massima sicurezza, risultato implicato in un traffico di smeraldi, e un presunto terrorista arabo lì detenuto.

1x09 - Marine Down
La vedova di un marine riceve una misteriosa telefonata da parte del marito morto. Il team NCIS prende in carico il caso e ordina la riesumazione del cadavere del marine, per capire se la telefonata fosse solo uno scherzo o se dietro ci fosse qualcos’altro.

1x10 - Left for Dead (it. Sepolta viva)
Dopo essere stata sepolta viva, una donna emerge da sotto terra con una grave amnesia: l’unica cosa che ricorda è che c’è una bomba a bordo di un’unità navale della Marina. Mentre aiutano questa donna senza nome a scoprire la propria identità, il team NCIS scopre che non tutto era come sembrava all’inizio.

1x11 - Eye Spy (it. Il grande occhio)
Un comandante della Marina viene trovato morto su una spiaggia. L’ufficiale lavorava come consulente tecnico presso un contractor civile incaricato di sviluppare una nuova arma per la Marina e il team NCIS, per scoprire le cause della sua morte, è costretta a ricorrere ai sistemi di spionaggio satellitare della CIA:

1x12 - My Other Left Foot (it. La rosa di Kate)
In un bidone della spazzatura viene ritrovata la gamba amputata di un marine. Il team NCIS viene chiamato a investigare e finisce per scoprire la trama di un omicidio nato nella piccola realtà di un paese di provincia.

1x13 - One Shot, One Kill (it. Il cecchino)
Il team NCIS viene chiamato a investigare l’omicidio di un ufficiale di reclutamento dei Marine, ucciso da un cecchino che aveva un conto in sospeso con il Corpo dei Marines e che si firmava con una piuma bianca.

1x14 - The Good Samaritan (it. Il buon samaritano)
Un dentista della marina viene trovato morto, nudo e legato in un campo lungo la strada che porta alla base in cui lavorava. Il team NCIS investiga il caso con l’aiuto dello sceriffo locale, una donna volitiva di nome Charley. Quando al primo seguono altri due delitti in apparenza identici, spunta l’ombra di un serial Killer che prende di mira gli uomini della Marina. I sospetti ricadono sulla moglie di una delle vittime, ma la donna ha un alibi perfetto.

1x15 - Enigma
Gibbs mette a repentaglio la sua vita e la sua carriera per dimostrare l’innocenza del suo ex comandante, un colonnello accusato di essersi appropriato indebitamente di parte del tesoro di Saddam Hussein.

1x16 - Bete Noir (it. Bestia nera)
Un terrorista, penetrato all’interno degli uffici dell’NCIS, prende in ostaggio Ducky, Gerald e Kate. Mentre Gibbs e Tony cercano il modo migliore per liberarli, il terrorista ferisce Gerald e fugge, portando via con sé il cadavere di un terrorista ucciso qualche giorno prima dal team in una azione antiterrorismo.

1x17 - The Truth Is Out There (it. Verità nascoste)
Il cadavere di un giovane marine viene ritrovato nel bagno di un capannone dove si sta svolgendo un rave party non autorizzato. La squadra NCIS inizia a indagare e si imbatte in una pista che da una parte suggerisce un tentativo di corruzione andato a male, ma dall’altra che si sia trattato soltanto di uno sfortunato incidente.

1x18 - UnSEALed (it. Braccato)
La squadra NCIS da la caccia a un ex SEAL evaso dalla prigione di massima sicurezza di Fort Leavenworth. L’uomo, accusato ingiustamente di aver ucciso la moglie e l’amante, è in cerca di un colpevole.

1x19 - Dead Man Talking (it. Un bacio speciale)
Il team investiga sul caso dell’omicidio di un altro agente dell’NCIS, l’agente Pacci. Prima di essere ucciso, Pacci stava indagando su un vecchio caso legato a una frode sulle carte di credito in cui il malloppo non era mai stato recuperato. La squadra riprende da dove Pacci è stato costretto, suo malgrado, a lasciare.

1x20 - Missing (it. Scomparso)
Un marine scompare dopo un appuntamento con una reporter. Durante l’indagine, il team NCIS scopre che tre ex componenti della sua unità sono morti e i sospetti ricadono sul suo ex comandante, che potrebbe essere un serial killer.

1x21 - Split Decision (it. Segreti)
In una foresta, alcuni ragazzi scoprono il cadavere di un Marine colpito a morte da un razzo anticarro in dotazione alla Marina. Le indagini conducono a un commercio illegale di armi pesanti tra una donna e un gruppo locale di paramilitari.

1x22 - A Weak Link (it. L'incidente)
La squadra di Gibbs indaga sulla morte di un SEAL, deceduto dopo una terribile caduta durante un’esercitazione in corda su una parete di roccia. Quando la sua attrezzatura viene trovata manomessa, nasce il sospetto che non si sia affatto trattato di un tragico incidente quanto piuttosto di un omicidio premeditato.

1x23 - Reveille (it. Doppia Identità)
Ritorna il terrorista che è riuscito a sfuggire a Gibbs dopo averlo ferito. Con un piano ingegnoso, l'uomo rapisce Kate e cerca di estorcerle un modo per riconoscere l'elicottero del presidente, che la sua cellula intende abbattere. Gibbs è furioso e insieme a tutta la squadra, con l'aiuto dell'agente McGee, riesce finalmente a dare un nome al terrorista. Ma purtroppo la sua identità è una sgradita sorpresa per tutti...